南京大学医学院的前身为国立中央大学医学院，创建于1927年，1932年独立建院，1935年国立中央大学重建医学院，1949年解放后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部（原国家教委）批准再度重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。南京大学医学院以精品式、国际化、研究型为特色，人才培养目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。现设临床医学和口腔医学两个专业，均为国家级一流专业，实行本硕博贯通培养。现有临床医学和基础医学两个一级学科博士点、临床医学和口腔医学两个专业学位博士授予点、临床医学和基础医学两个博士后流动站。美国科技信息所的esi数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前千分之一。
南京大学医学院目前有5所附属医院：附属鼓楼医院、附属金陵医院（东部战区总医院）、附属口腔医院、附属泰康仙林鼓楼医院和附属盐城第一医院（盐城市第一人民医院），并以南京市各专科医院作为教学医院，师资力量雄厚，现有中国科学院院士1名、中国工程院院士2名，博士生导师139人，教授142人，副教授207人。近年来，学院在学科建设、队伍建设、科学研究、社会服务各项工作取得了长足的发展。目前拥有国家慢性肾病临床医学研究中心、国家遗传工程小鼠资源库、模式动物与疾病研究教育部重点实验室以及江苏省医学分子技术重点实验室等多个国家级及省部级科研中心/研究平台；建立了23个临床研究所，为开展转化医学研究提供了平台支撑；近5年共承担了430余项国家自然科学基金项目以及20余项科技部重点研发项目/课题；近年来多次获得国家和部委、省市科技奖励。
凭借南京大学雄厚的自然科学基础，浓郁的学术和人文氛围，本院尤其注重加强学生的基础理论、创新思维及科研能力和人文素质的培养，教学内容反映现代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的通识通修课，使学生既具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握现代医学理论和必要的临床知识与实践技能。
学院国际交流频繁，与美国约翰霍普金斯大学医学院、澳大利亚西澳大学医学院、香港中文大学医学院等签署学生交流协议，每年遴选优秀学生赴上述大学医学院进行交流。2021年起，与英国利兹大学共同建立了口腔医学硕士研究生的联合培养项目。
建院三十多年来，南京大学医学院已培养一大批优秀毕业生，这些毕业生绝大多数在全国各大城市的三级甲等医院中从事临床工作，在工作中都有出色的表现，其中相当一部分在业务上已有所建树或成为所在单位的骨干。用人单位在评价南京大学医学院的毕业生时一致认为：我院毕业生基础扎实、思维敏捷、知识面宽，有较强的研究能力和创新能力，并十分关注医学发展的前沿动态，在医学临床和研究领域有很强的竞争力。
